Zé Roberto egyike volt azoknak a játékosoknak, akik a 2005/2006-os idény után távoztak Münchenből: követte Ballack, Jeremies és Lizarazu példáját (igaz, utóbbi kettő visszavonult, míg előbbi a Chelsea-be igazolt).
A Bayer Leverkusentől érkező brazil a 2002/2003-as szezonban rögtön duplázott új klubjával hazai porondon, ám nem igazán ment neki a játék. A következő évben már jobban szerepelt, de ekkor nem nyert semmit, majd jött a Magath-éra és Zé Roberto utolsó két müncheni évében kétszer is duplázni tudott hazai fronton, így háromszoros német bajnokként és Német Kupa-győztesként búcsúzott Münchentől.
Összeségében érzékenyen érintette a bajorokat a brazil középpályás távozása, hiszen Schweinsteigernek nincs megfelelő alternatívája a középpálya bal oldalán. Ám, azt mindenképpen el kell ismerni, hogy Zé Roberto nem nyújtott olyan játékot, mint amilyet Leverkusenben.