Ballack visszatér! Ugyan a második körben már nehezebb feladat elé állította Felkix Magath csapatát az Ezgebirge Aue, hiszen a bajorok 79 percen át gólképtelenek voltak a hazaiak ellen (csupán egy lesgólra futott Ballack részéről), ám akkor Michael Ballack – a mezőny legjobbja - a 80. percben befejelte Willy Sagnol beadását, megszerezve a győzelmet érő találatot.
Az FC Bayern összeállítása: Kahn – Lucio, Demichelis, Ismael – Sagnol, Schweinsteiger – Jeremies (Deisler 73.) – Ballack – Karimi (Scholl 54.) – Makaay, Santa Cruz.
Gólszerző: Ballack (80.)

A harmadik forduló igazi csemegét hozott, hiszen a bajnoki és Kupa-címvédő, valamint a második helyezett Hamburg találkozott egymással. Nagy összecsapásnak ígérkezett, hiszen a HSV az őszi körben hazai pályán 2-0-ra megverte a bajorokat van der Vaart és Trochowski góljával. Most fűtötte a bajnokot a visszavágás, ami sikerült is, hiszen a hosszabbításban Hargreaves távoli lövésével 1-0-ra megnyerte a mérkőzést a „Magath-banda”. Ezzel – ahogyan Rumennigge is fogalmazott – a Bayern megmutatta, hogy egymás után nem lehet őket kétszer legyőzni.
Az FC Bayern összeállítása: Kahn – Ottl, Lucio, Ismael, Lizarazu (Lahm 46.) – Demichelis – Deisler (Hargreaves 86.), Zé Roberto – Ballack – Makaay (Guerrero 18.), Pizarro
Gólszerző: Hargreaves(113.)

Negyeddöntő. A Bayern hazai pályán fogadta a Mainz együttesét, amelyet a bajnokságban csak nagy nehezen Claudio Pizarro és Oliver Kahn remek egyéni teljesítményének köszönhetően győzték le hazai pályán 2-1-re. E két játékos parádéjára most is szükség volt, ugyanis Kahn hatalmas védésekkel, Pizarro pedig újabb duplával járult hozzá a Bayern hosszabbításos győzelméhez, nem beszélve a cserejátékosok kiváló szerepléséről.
Az FC Bayern összeálíltása: Kahn – Sagnol, Lucio, Ismael, Lahm – Hargreaves (Demichelis 46.) – Karimi (Schweinsteiger 61.), Zé Roberto (Guerrero 73.) – Ballack – Pizarro, Makaay
Gólszerzők: Pizarro (81., 115.), Guerrero (94.)

Jöhetetett az elődöntő és a St.Pauli, valamint jöhetett újra Pizarro is, aki Hargreaves korai gólja után az utolsó tíz percben szerzett duplájával újfent nyerő embernek bizonyult. A Bayern bent van a döntőben!
Az FC Bayern összeállítása: Kahn – Sagnol, Lucio, Ismael, Lahm – Hargreaves – Salihamidzic, Schweinsteiger (Jeremies 46.) – Ballack – Makaay (Santa Cruz 88.), Pizarro (Guerrero 90.)
Gólszerzők: Hargreaves (15.), Pizarro (84., 89.)

Finálé Berlinben! Tavaly a berlini Olimpiai stadionban a Bayern két vereség után a lehető legjobbkor vágott vissza a Schalkénak, ugyanis a két 1-0-ás bajnoki bukta után a Bayern 2-1-re legyőzte Ralf Raggnick csapatát, amivel tizenkettedszer hódította el a DFB-Kupát.
Most nem volt ekkora rangadóra esély és ennek megfelelően a hangulat kevésbé volt feszült, bár a tét korántsem volt kicsi. Viszont a bajorok bajnoki címének köszönhetően a kiesést elkerülő Eintracht Frankfurt az eredménytől függetlenül indulhat az UEFA-Kupában.

A döntő egyetlen gólját nem más, mint Claudio Pizarro szerezte, aki öt Kupa-meccsen öt gólt szerzett, így a Bayern házi gólkirálya lett! A győztes találatot Zé Roberto szögletét követően bólintotta Nikolov hálójába. Ám, a végső sikerhez kellett az egész DFB-Kupában végig parádésan védő Oliver Kahn, aki a 86.percben elképesztő védéssel ütötte ki Amanatidisz lövését. Nem véletlenül mutatták a védés után Jürgen Klinsmannt,  aki előtte már kijelentette, hogy a vb-n Lehmann fog védeni. A döntés végül őt igazolta, ám a Német-Kupa fináléjának és a Bayern Münchennek hőse így is Oliver Kahn volt. Immár sokadszor pályafutása során.